小智（松本梨花 配音）帶著皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴們繼續前行在冒險的旅途之中。路上，一行人遇見了帶著神奇寶貝胡巴（釘宮理惠 配音）的少女麥亞麗（中川翔子 配音）。胡巴能夠制造出神奇的時空圓環，帶領大家在不同的地點來回穿梭。
地處沙漠腹地的城市迪賽魯西坦到了，曾經，在這里發生過一場聲勢浩大的神奇寶貝戰爭，亦是因為這場戰爭，這里才成為了干涸少水的沙漠。在這里，麥亞麗和哥哥巴爾扎（藤原龍也 配音）匯合了，讓大家沒有想到的是，巴爾扎竟然得到了封印著可怕神奇怪手的瓶子。在誤打誤撞之中，封印被解開了，那個曾經終結過迪賽魯西坦的可怕怪獸重見天日，而它的真實身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
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