《鋼鐵飛龍2》講述的是曾經被奧特曼打敗或驅逐出地球的外星人，再度入侵。有翅膀硬了回來找奧特曼尋仇的，有越獄報復地球的，還有來刷存在感的。而這些外星人都具備各式各樣的能力，地球再度陷入危機。關鍵時刻，鋼鐵飛龍小戰隊挺身而出，與正在歸來的奧特曼一起，為保護地球安危而戰斗。